滅菌是指用物理或化學的方法，殺死物體表面和孔隙內的一切微生物或生物體，即把所有生命的物質全部殺死。常用的滅菌方法可分為物理的和化學的兩類：物理方法如干熱（烘燒和灼燒）、濕熱（常壓或高壓蒸煮）、射線處理（超聲波、微波）、過濾、清洗和大量無菌水沖洗等措施。化學方法是使用甲醛、過氧化氫、高錳酸鉀、次氯酸鈉、抗菌素、酒精化學藥品處理等。

微生物檢查培養基常用的滅菌方法主要是濕熱滅菌和過濾除菌。

1、濕熱滅菌：

蒸汽在冷凝時釋放出大量潛能，并且蒸汽具有強大穿透力，蒸汽的濕熱破壞菌體蛋白質和核酸的化學鍵，使酶失活，微生物因代謝障礙而死亡。濕熱滅菌的效果，取決于致死溫度和致死時間。致死溫度是殺滅微生物的極限溫度。致死時間是在致死溫度下殺滅全部微生物所需時間。

高壓蒸汽滅菌適合于耐高溫培養基、接種器械和蒸餾水的滅菌。培養基分裝后應立即滅菌，應在當天內完成滅菌工作，不可過夜。消毒時間不宜過長，也不能超過規定的壓力范圍，否則有機物質就會在高溫下分解，失去營養作用，也會使培養基變質、變色，甚至難以凝固。

培養基配制后，應按驗證過的高壓滅菌程序滅菌。2015版《中國藥典》第三次公示稿，1106 非無菌產品微生物限度檢查：控制菌檢查法中，列出部分培養基的滅菌條件，如下表所示：

其他未明確標示滅菌方法的培養基，按供應商標簽所示滅菌方法滅菌或按驗證過的高壓滅菌程序滅菌。

2、過濾除菌：

一些抗生素及有機物等，遇熱容易分解，不能與培養基一起進行高溫滅菌，而要使用細菌過濾器濾去其中的雜菌，例如含抗生素的沙氏葡萄糖瓊脂培養基。過濾后的溶液要立即加入培養基中，若為液體培養基，可在培養基冷卻至30℃時加入；若為固體培養基，必須在培養基凝固之前（50-60℃）加入，振蕩使溶液與其他成分混合均勻。